Früheste Siedlungsspuren stammen von den Helvetiern, einem Keltenstamm, der um 500 v. Chr. dieses Gebiet in Besitz nahm. Ab 58 v. Chr. herrschten hier die Römer. Von 259 bis 277 hielten die Alamannen das Gebiet südlich des Rheins besetzt, bevor sie von den Römern zurückgedrängt wurden. Der Rhein bildete die Nordgrenze des Römischen Reichs, im Gebiet Jüppen bestand ein Wachtturm. Um 400 zogen sich die Römer endgültig über die Alpen zurück. Die Alamannen besiedelten die Region und verdrängten allmählich die romanisierten Kelten.
Im Jahr 1231 vermachten die Freien von Bernau ihren Grundbesitz dem Johanniterorden. Die Johanniter teilten ihren neu erworbenen Besitz zunächst der Kommende Bubikon im Zürcher Oberland zu. 1250 erfolgte die Gründung der Kommende Leuggern. Diese wurde das religiöse und politische Zentrum des Kirchspiels Leuggern, das die heutigen Gemeinden Leuggern, Böttstein, Full-Reuenthal sowie Leibstadt umfasste. Die erste urkundliche Erwähnung von Reuwintal erfolgte im Jahr 1258, der Ortsname stammt vom althochdeutschen Riuwintale und bedeutet «Tal des Riuwo». Der erste Hinweis auf die Siedlung Wulne findet sich im Habsburger Urbar von 1303/08. Dieser Ortsname ist von (ze) follinun abgeleitet, was auf Althochdeutsch «beim aufgeschütteten Boden» bedeutet.
1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau und lösten die Habsburger als Landesherren ab. Das Kirchspiel Leuggern wurde Teil der Grafschaft Baden, einer gemeinen Herrschaft der Eidgenossenschaft. Während des Schwabenkrieges von 1499 wurden die Dörfer des Kirchspiels verwüstet und geplündert; Full wurde am 22. Februar jenes Jahres von schwäbischen Truppen zerstört, nach dem Krieg erfolgte der Wiederaufbau. Von 1529 bis 1531 hielten Truppen der reformierten Stadt Bern das Kirchspiel besetzt, die Bevölkerung blieb jedoch katholisch.
Im März 1798 marschierten die Franzosen in die Schweiz ein und das Kirchspiel gelangte zum kurzlebigen Kanton Baden der Helvetischen Republik. Es entstanden die Munizipalitäten Böttstein und Leuggern. Während des Zweiten Koalitionskrieges im Jahr 1799 verlief die Frontlinie zwischen Franzosen und Österreichern mitten durch das Aaretal südöstlich von Full und Reuenthal. Am Zusammenfluss von Aare und Rhein hatten die Franzosen ein Lager errichtet. Durch Requirierungen und Zwangseinquartierungen litt die Bevölkerung grosse Not.
Nachdem 1803 durch die Mediationsakte von Napoleon Bonaparte der Kanton Baden aufgelöst und im Kanton Aargau aufgegangen war, wurden die Dörfer des Kirchspiels in einer einzigen Gemeinde wiedervereinigt. Mit einer Fläche von über 30 Quadratkilometern war sie die grösste des Kantons. Das Kantonsparlament beschloss 1816 die Teilung der Grossgemeinde in die Gemeinden Böttstein, Leuggern und Oberleibstadt. Es war der Meinung, eine derart grosse Gemeinde ohne eigentliches Zentrum sei wirtschaftlich nicht überlebensfähig. Bis 1832 gehörten Full und Reuenthal zur Gemeinde Oberleibstadt und bilden seither eine eigenständige Gemeinde. 1902 erfolgte die letzte Grenzbereinigung, als der kleine Weiler Jüppen von Leuggern abgetrennt und der Gemeinde Full-Reuenthal angefügt wurde.
Die Bevölkerung Leuggerns lebte bis ins frühe 20. Jahrhundert weitgehend von der Landwirtschaft, die Industrialisierung hielt nur langsam Einzug. Im Jahr 1939, kurz vor Beginn des Zweiten Weltkriegs, stellte das Militär in Reuenthal eine Festung fertig, die einen allfälligen Angriff deutscher Truppen hätte aufhalten sollen. Bei der Bombardierung von Waldshut am 19. Februar 1945 fielen zwei Bomben auf den Weiler Jüppen und richteten erheblichen Sachschaden an.
In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts gab es mehrmals Projekte für die Schiffbarmachung von Rhein und Aare, in den 1980er Jahren sogar Pläne für einen Flusshafen im Fullerfeld (siehe Transhelvetischer Kanal). Doch all diese Projekte scheiterten am Widerstand von Bevölkerung und Naturschützern. Zu Beginn des 21. Jahrhunderts wehrten sich die Bewohner der Gemeinde erfolgreich gegen die Absicht, die geplante deutsche Bundesautobahn A98 ein Stück weit über das Fullerfeld zu führen. Mittlerweile wird wieder die Bergvariante nördlich an Waldshut vorbei favorisiert. (Quelle: Geschichte)
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